Данное исключение предполагается в случае, когда и ребенок, и предполагаемый отец являются гомозиготными по различным аллелям. При этом нужно иметь в виду, что гомозиготность может быть проявлением невыявленной гетерозиготности. Поэтому непрямое (косвенное) исключение не является 100% и в этом случае, прежде чем делать выводы об исключении отцовства, принимаются меры по поиску дополнительного, прямого или непрямого исключения.