Первоначально производят сравнение аллелей ребенка с аллелями матери. Путем исключения из дальнейшего рассмотрения аллелей, полученных ребенком от матери, выявляют аллели, полученные от биологического отца. Если предполагаемый отец не обладает этими аллелями, его биологическое отцовство исключается.